Les laboratoires peuvent financer des contrats doctoraux sur fonds propres ou par appels à projets de différents organismes (AFM, ARC, FRM, Ligue contre le Cancer, région Ile-de-France...).

Pour tous les types de financements autres que les financements SU, PSL et UPC au Processus d'Attribution des Contrats Doctoraux de l'ED, le directeur de thèse doit soumettre un dossier de candidature à l'ED pour validation avant que son candidat puisse procéder à son inscription administrative.